La mayoría de infecciones endodónticas permanecen dentro del diente, por lo que se deben de tratar realizando una endodoncia o extracción, sin la necesidad de pautar antibióticos. Sin embargo, la administración profiláctica en individuos susceptibles, previene de infecciones postoperatorias locales y diseminaciones infecciosas. Su uso también está indicado como prevención de infecciones bacterianas o en lesiones traumáticas, en las que se puede alterar el pronóstico. Lo mismo ocurre en dientes inmaduros con pulpa necrótica y procesos de periodontitis apical.

A grandes rasgos, podríamos decir que se encuentra indicado en los siguientes casos: Abscesos apicales agudos en pacientes comprometidos o con afectación sistémica. Infecciones progresivas con derivación a cirujanos orales, reimplante de dientes avulsionados o trauma de tejidos blandos, en los que se requiera tratamiento.

Su uso, por el contrario, se encuentra contraindicado en las siguientes situaciones: Pulpitis sintomática irreversible, necrosis pulpar, periodontitis apical sintomática, absceso apical crónico y absceso apical agudo sin afectación sistémica. Su administración tampoco está indicada en el caso de fracturas dentales, conmociones cerebrales, subluxación o luxaciones y extrusiones.

Finalmente, a la hora de realizar un tratamiento quirúrgico endodóntico, debemos de basar su uso, en la evaluación médica individual de la persona. Consideraremos el estado general, el control de la enfermad y el riesgo de complicaciones relacionadas con la infección. En el caso de las mujeres embarazadas utilizaremos Penicilina V o Amoxicilina, como antibióticos de primera elección, y Clindamicina o Azitromicina, como antibióticos de segunda elección.